C’est dans cette prestigieuse cité du vin d’environ 25 000 habitants, que six personnes vécurent l’expérience spirituelle et biblique de la nouvelle naissance, et se retrouvèrent dans la maison de la famille Duhesme, au 27 rue Pasteur … C’était en 1957 ! De 1961 à 1964, la mairie leur prêta un local.

Sous l’impulsion du pasteur Charles Gisquet, un local fut loué au 28 de la rue Maufoux. Les années ont passé et le groupe s’est étoffé. Au début des années 80, une dizaine de jeunes gens se convertirent à Jésus Christ et s’ajoutèrent à l’église. L’étroitesse et la vetusté des lacaux aidant, on se mit à la recherche d’un local plus adéquat . C’est ainsi qu’un magasin des coopérateurs de Lorraine qui venait de fermer, fut acheté. Après les travaux d’aménagement, l’église de Beaune située au 49 rue de Chorey, inaugurait son nouveau lieu de culte trois ans plus tard, le 25 novembre 1989.

Depuis septembre 2004 et ce jusqu’à août 2009, l’équipe pastorale se composait de Joël Gallice, pasteur principal sur Dijon, et Patrice Martorano, pasteur adjoint sur Beaune.

A partir de  septembre 2009, c’est Romuald Hanss qui succèdera à Patrice Martorano.